Broad Institute, Intel ve Google, Biyomedikal Araştırmayı İleri Taşıyor

Broad Institute, Intel ve Google, Biyomedikal Araştırmayı İleri Taşıyor
Okunuyor Broad Institute, Intel ve Google, Biyomedikal Araştırmayı İleri Taşıyor

Broad Institute, Google mühendisliği ve Intel optimizasyonları ile yeni araştırma düzeylerine imkan tanıyor.

Getirdiği Yenilikler: MIT ve Harvard’ın ortak araştırma kuruluşu olan Broad Institute, genomik araştırmaları hızlandırmak için Intel ve Google Cloud ile sürdürdüğü işbirliğinin sonucu olarak, iş akışlarını süratli ve uygun maliyetli Google N1 ve N2 örnekleri için optimize etti. Bu işbirliği, iş yüklerinin Google Cloud’daki birinci dağıtımına kıyasla, optimizasyondan sonra data sürece maliyetinde %85 oranında bir düşüşle sonuçlandı(1).

“Bulutun büsbütün yeni bir data birleştirme ve işbirliği düzeyine imkan tanıyacağını ve bunun maksatla, araştırmacıların iş akışlarını öbür data kümeleriyle oluşturdukları bilgilerden daha fazlasında birleştirerek daha varlıklı, daha güçlü hesaplama deneylerine dönüştürebilecekleri bulut tabanlı bir data ekosistemi yaratmak için diğerleriyle birlikte çalışabileceğimizi biliyorduk.” –Geraldine Van der Auwera, MIT ve Hardvard’ın ortak araştırma kuruluşu Broad Institute’un Data Bilimleri Platformu erişim ve bağlantı yöneticisi

Çalışma Biçimi: Broad Institute, genomik data üretimi ve hesaplamalı araştırma talebindeki çarpıcı artışa ayak uydurmak için iş yüklerini Google Cloud N2 örneklerine taşıdı. Süreç çizgisi iş yüklerini modüler hâle getirip, bulut örneklerini iş yükünün gereksinimlerine uygun formda boyutlandıran ve Intel® Xeon® Ölçeklenebilir işlemciler için optimize eden Broad Institute kullanıcıları, genomik iş akışlarını Google Cloud üzerinde %25 daha süratli ve %34 daha düşük maliyetle çalıştırabilir. Bunun için, iş yüklerini Xeon Ölçeklenebilir işlemcilerle N2 örneklerine dağıtmaları kâfi.

Intel, 2017 yılından bu yana Broad Institute ile paydaşlık ederek, kurumun süreç çizgilerinin ve Genome Analysis Toolkit’inin (Genom Tahlili Araç Seti – GATK) Intel® Genomics Kernel Library  üzere Intel kitaplıklarıyla optimize edilmesine yardımcı oldu. Biliminsanlarının genomik bilgileri entegre etmesi ve işlemesine yardımcı olacak yeni araçlar ve altyapının dünyanın her yerindeki araştırmacılar ve yazılım mühendisleri tarafından oluşturulması, optimize edilmesi ve paylaşılmasını sağlayan bir proje olan Intel-Broad Center for Genomic Veri Engineering’i de (Intel-Broad Genomik Data Mühendisliği Merkezi) Intel ve Broad Institute birlikte yönetti.

Intel, Broad Institute’un süreç çizgilerini Google Cloud’da optimize etmesine yardımcı oldu. Örneğin Genome Analysis Toolkit’teki muhakkak çekirdekler, vektör operasyonları için Intel® Advanced Vector Extensions 512 (Intel® AVX-512) ile optimize ediliyor. Optimize edilen depolama işlevlerinin kimileri, Intel® Intelligent Storage Acceleration Library’yi (Akıllı Depo Hızlandırma Kitaplığı – Intel® ISA-L) kullanıyor.

Daha geniş bir hayat bilimleri ekosistemi vizyonunu hayata geçirmek isteyen Broad Institute, Microsoft ve Verily birlikte, dünyanın her yanından biyomedikal araştırmacıların bilgilere erişmesi, tahlil araçlarını kullanması ve işbirliği yapması için ölçeklenebilir ve inançlı bir platform olan Terra’yı geliştirdi. Terra, Broad Institute’un kolaylıkla ölçeklendirmesine ve insan hastalıklarının tahliline yönelik araştırmalarda araştırma topluluğunu yeni yeteneklerle güçlendirmesine imkan tanıyan bulut altyapısıyla tasarlandı.

Neden Değerli: Genom bilimi, biyoloji bilimlerinin yapılış formunu değiştirdi. Broad Institute, Intel ve Google Cloud’un yardımı sayesinde inovasyonun ön saflarında yer alıyor; genomik araştırmaları kolaylaştırıyor ve hızlandırmaya yardımcı oluyor. İş yüklerini buluta taşıyan ve Google Cloud örnekleri için optimize eden Broad Institute, depolama kapasitesi ve hesaplama yeteneği konusunda karşılaştığı zorlukları ölçeklenebilir ve ileriye dönük bir biçimde çözdü. Birlikte oluşturulan Terra platformu ise, Broad Institute’un kendi araştırma takımlarının yanında dünyanın farklı yerlerindeki hayat bilimcileri güçlendirmesini, optimize araçlar ve süreç sınırlarından yararlanmalarına imkan tanımasını ve biyomedikal araştırmalar için heyecan verici yeni imkanlar sunan birleştirilmiş bir bilgi ekosistemi oluşturmasını sağladı.

Online Müracaat